戦闘は一定時間ごとにコマンドを選択することで行われます。
コマンドの種類は以下のようになっています。
・バトルコマンド
・バランス
威力の弱い攻撃と防御を同時に行います。
射程距離と威力の高いロングビームが制限される代わりに、ダメージが7割程度になります。
また、ショットビームの連射速度が低下します。
（シールド艦はさらにダメージが低下します。）
・攻撃優先
ロングビーム、ショットビーム両方で攻撃を行います。ダメージは100％となります。
（フォーメーション変更中、移動中の場合は完了するまでバランスと同程度の攻撃となります。）
・防御優先
一切攻撃を行わずに防御優先となります。ビームによる攻撃のダメージが半分以下になります。
（魚雷は防御無効となります。常に100％のダメージを受けます。）
（シールド艦は攻撃可能です。また、防御中でも魚雷は使用可能です。）
・艦隊コマンド
・現状維持
何もしません。
・前進、後退
艦隊を前進または後退させます。
敵艦隊と距離が近いほど与えるダメージ、受けるダメージが増大します。
・左、右
艦隊を左または右にスライド移動させます。
・密集隊形
戦艦同士の間隔を詰め密集させます。
相手の艦隊に一点集中砲火したい場合などに有効です。
また、戦艦同士の隙間が小さくなることでほどんどの攻撃を前衛を受け持つことになるため後衛にダメージが及びにくくなります。
・拡散隊形
標準状態の間隔となります。
・魚雷
SPゲージがMAX状態のとき使用可能です。
魚雷を発射することができます。魚雷は後列にいても攻撃可能です。
魚雷は相手の防御を無効にします。
魚雷は敵のビームにより撃ち落とされる場合があります。
側面から魚雷を打つことで迎撃されにくくなり相手に大ダメージを与えることができます。
・特殊攻撃
SPゲージがMAX状態のとき使用可能です。
通常の1.2倍の攻撃力となります。また、攻撃キャパシティが回復していきます。
攻撃艦、重攻撃艦などSPビームを装備した戦艦はさらに強力なビームを撃つことができます。
（SPビームを撃っている間はダメージを受けにくくなります。）
・フォーメーション
フォーメーションを変更できます。
フォメーションを変更しない場合は現在のフォメーション（点滅中）を選択してください。
・ビームによる攻撃について
ビームは一直線に伸びていくロングビームと単発で発射するショットビームの二種類があります。
ロングビームは射程距離が長く距離による威力の減衰が少なく遠方の敵にも大きなダメージを与えることが可能です。
一方、艦隊の移動中、バランスコマンド使用時などは撃つことができないなどの制約があります。
ショットビームは射程距離が短く、距離による威力の減衰が大きく遠方の敵にはダメージを与えにくくなっています。
一方連射が効く為、至近距離では大きなダメージを与えることが可能です。
また、移動中、バランスコマンド使用時などでもビームを発射することができる場合があります。
ショットビームは戦艦の隙間を抜けやすく前衛だけでなく後列に対してもダメージをある程度与えることが可能です。
前衛に命中しなかったビームがその後ろの戦艦に命中する場合があるためです。
（密集隊形の場合は後衛にダメージが及びにくくなります。また、シールド艦はあたり判定が大きく自分より後衛にビームが当たりにくくなります。）
・ビームの角度
ビームはその命中する角度によりダメージが変わります。正面はダメージが最も少なく、側面は二倍近いダメージとなります。